Acabo de ver la foto y no he podido comprobarlo en mi coche, yo diría que esas marcas son para marcar la posición correcta de esa polea. Las marcas de la cabeza del tornillo siempre quedan en la misma posición una vez apretada la polea y la polea seguramente tendrá un estriado para alojarse en el eje.
Resumiendo... será una manera de saber la posición original de montaje.
Como bien dices, lo ideal seria que mirasemos si de origen existen esas marcas, de lo contrario significaría que algún mecanico las hizo para poder desmontar ( por mantenimiento o vete a saber) y dejarlo en la posición original.
Mañana miraré de comprobarlo en el mío.